Prace dyplomowe

Badania nad funkcjonalizacją oligonukleotydów według Wariantu III

Zgodnie z założeniami (Schemat 16), Wariant III funkcjonalizacji oligonukleotydów na podłożu stałym polega na bezpośrednim przyłączeniu do oligomeru I H-fosfonianu aminoalkilowego typu 182 z odpowiednio chronioną funkcją aminową (Schemat 43). Podejście takie ma kilka zalet: (i) włączenie syntonu nienukleotydowego przebiega zgodnie ze standardowym protokołem syntezy oligonukleotydów metodą H-fosfonianową, (ii) szybka, jednoetapowa funkcjonalizacja, (iii) możliwość kontroli wydajności przyłączenia syntonu (uwolnienie barwnego kationu dimetoksytrytyliowego).

I

X

VI

Schemat 43

Często dyskutowana niedogodność tego podejścia wiąże się z koniecznością wcześniejszego przygotowania odpowiedniego H-fosfonianu aminoalkilowego. W niniejszej rozprawie niedogodność ta została w znacznej mierze ograniczona, gdyż w przeciwieństwie do znanych metod,^10,54 synteza syntonu nienukleotydowego typu 182 oparta jest o proste, handlowe substraty bez konieczności ich wcześniejszego przygotowywania (str. *).

Synton 182d (0,2M roztwór w CH3CN-Py 1:1) przyłączyłem do oligomeru I (Zdjęcie 5, linia A) stosując standardowe warunki kondensacji metody H-fosfonianowej (0,3M roztwór PivCl w CH3CN-Py 1:1, 1,5 min.). Niezależnie od metody uzyskania oligomeru wykorzystywanego do funkcjonalizacji, po utlenieniu, odblokowaniu i odtrytylowaniu otrzymywałem 5'-(5-aminopentylo)-fosforan oligonukleotydu VI (Zdjęcie 5, linia B) jako praktycznie jedyny produkt.

Zdjęcie 5

Tak więc, powyższe podejście jest szybkie i wydajne, w dużej mierze dzięki możliwości łatwego przygotowania H-fosfonianów typu 182. Biorąc pod uwagę fakt, że przyłączanie syntonu 182 odbywa się w standardowym cyklu syntetycznym kondensacji metody H-fosfonianowej, mogę polecać Wariant III jako efektywną metodę funkcjonalizacji oligonukleotydów związanych z podłożem stałym.